WMO秘书处总部位于日内瓦,由秘书长领导。其与副秘书长和助理秘书长一同组成行政管理层。
WMO秘书长负责秘书处全面技术和行政工作,通过授权副秘书长和助理秘书长管理这项职能。秘书长根据世界气象大会制定的规则并经执行理事会批准,任命秘书处的所有工作人员,包括副秘书长和助理秘书长。
秘书长由大会任命,任期四年,最长任期为八年。
司长理事会
司长理事会由高级司长组成,每月召开一次会议,讨论实现各司具体目标和本组织目标及宗旨的总体进展。高级司长管理小组每年签署契约,作为问责文件,以确保实现本组织的高级别目标。