Outre ses organes constituants (Conseil exécutif, conseils régionaux et commissions techniques), le Congrès météorologique mondial établit des organes chargés de le conseiller sur des sujets spécifiques.
Actuellement, ces organes additionnels sont les suivants:
Le Conseil de la recherche sur le temps, le climat, l'eau et l'environnement (Conseil de la recherche), qui est le principal organe chargé d'associer la communauté internationale des chercheurs aux travaux de l'OMM.
Le Groupe consultatif scientifique(SAP), qui donne des avis sur les stratégies de recherche de l’OMM et les axes scientifiques autour desquels devrait s’articuler autant que possible le mandat de l'Organisation dans les domaines du temps, du climat, de l’eau et des sciences sociales et environnementales connexes.
Le Conseil collaboratif mixte OMM-COI, qui est un organe établi conjointement avec la Commission océanographique intergouvernementale de l'UNESCO pour coordonner les questions relatives aux océans d'intérêt commun.
Le Groupe d'experts intergouvernemental sur l'évolution du climat (GIEC), créé en 1988 par l'OMM et le Programme des Nations Unies pour l'environnement, qui est l’organisme des Nations Unies chargé d’évaluer les travaux scientifiques consacrés aux changements climatiques. Le GIEC évalue régulièrement les fondements scientifiques du changement climatiques et les impacts et risques futurs de celui-ci, ainsi que les options d'adaptation et d'atténuation.
Le Comité consultatif pour les questions financières (FINAC) communique au Congrès et au Conseil exécutif les avis donnés par les Membres de l'OMM sur les questions financières ainsi que sur la capacité de financement du budget axé sur les résultats et la viabilité et l’exécution de ce dernier.